El Centro Nacional de Medicina Tropical se crea por orden del 27 de diciembre de 2001 (publicado en BOE del 11 de enero de 2002) para responder a la creciente movilidad internacional (inmigración y viajeros) y también por la mayor presencia española en programas de cooperación internacional, con el objetivo de reforzar la asistencia, investigación y docencia en enfermedades tropicales y establecer programas de cooperación científico-técnica, con países donde existen estas patologías.