La misión del Centro Nacional de Epidemiología es el estudio epidemiológico del binomio salud-enfermedad con el fin de mejorar el nivel de salud de la población mediante la vigilancia de la salud pública, el estudio de la conducta de las enfermedades (transmisibles y no transmisibles), la cuantificación de su impacto, la monitorización de su evolución y la investigación de los factores que comprometen la salud.