Análisis anual de circulación de SARS-CoV-2 en España por RELECOV: Evaluación de linajes en seguimiento y posibles linajes emergentes (semana 40/2022 hasta semana 39/2023

Abstract

El 17 de febrero de 2021, la Comisión Europea lanzó una de las acciones clave para la preparación y respuesta frente a las amenazas y emergencias transfronterizas graves, de origen natural o deliberado, creando un programa de preparación frente a los efectos de la circulación de las variantes del SARS-CoV-2. El 25 de febrero de 2021, la presidenta Ursula von der Leyen anunció que la Unión apoyaba el fortalecimiento de la detección, caracterización y propagación de las variantes del virus. La Comisión Europea, junto con el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC), estableció el Programa HERA-Incubator de apoyo a las infraestructuras nacionales de cada uno de los estados miembros. En España, mediante el Grant/2021/PHF/23776 se afianzó la Red Nacional de Laboratorios Españoles de Secuenciación Genómica de SARS-CoV-2 (RELECOV). En 2023, a través del Programa EU4Health (EU4H), se ha conseguido enmarcar esta actividad mediante el proyecto 101113109-RELECOV 2.0 para la consolidación de la secuenciación genómica aplicada a la vigilancia virológica de las infecciones respiratorias asociadas a SARS-CoV-2 extendiéndose a gripe y al virus respiratorio sincitial. RELECOV cubre las necesidades de generación de secuencias y, mediante su análisis se cubre el conocimiento genómico de los virus circulantes. El Centro Nacional de Microbiología (Instituto de Salud Carlos III) (CNM-ISCIII) coordina dicha red y trabaja directamente con el ECDC y la OMS. Los principales objetivos de RELECOV se centran en mejorar el grado de especialización técnica adquirida para realizar las actividades propias de secuenciación de virus que es llevada a cabo por los laboratorios integrantes. Esto permite a RELECOV mejorar la investigación y la vigilancia de enfermedades infecciosas por el conocimiento genómico de los virus implicados que permite una detección temprana y un seguimiento de variantes y linajes emergentes del SARS-CoV-2. En este informe se presentan los resultados anuales generados mediante secuenciación genómica de SARS-CoV-2 para la detección e identificación de variantes en España, desde la semana 40/2022 hasta la semana 39/2023. Los datos que se presentan surgen de los resultados de secuenciación genómica y detección de variantes de los virus SARS-CoV-2 a nivel nacional producidos por todas las CCAA y las 2 Ciudades Autónomas que vigilan la aparición de cualquier variante/linaje emergente. El análisis de seguimiento de los linajes de SARS-CoV-2 contextualizan la situación a nivel nacional y se encuadran en la vigilancia de SARS-CoV-2 en España.