Biblioteca Nacional de Ciencias de la Salud (BNCS)

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La actual Biblioteca Nacional de Ciencias de la Salud empieza a configurarse en 1994, cuando coincidiendo con el 70º Aniversario de la Escuela Nacional de Sanidad, se constituye como Unidad Centralizada de documentación para todo el Instituto de Salud Carlos III. Adquiere su actual definición como Centro Nacional el 2 de agosto de 1996 (RD 1893/1996), dependiendo entonces orgánica y funcionalmente de la Escuela Nacional de Sanidad del Instituto. A partir del 28 de julio de 2000 (RD 809/2000) pasa a depender de la Subdirección General de Planificación y Coordinación Docente, entre cuyas funciones se definen la coordinación de la Escuela Nacional de Sanidad y de la Biblioteca Nacional de Ciencias de la Salud, que asume la dirección y coordinación de todas las bibliotecas del Instituto. Actualmente depende de la Subdirección General de Terapia Celular y Medicina Regenerativa.

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  • Publication
    Biomarkers for personalised prevention of chronic diseases: a common protocol for three rapid scoping reviews
    (Springer, 2024-06-01) Plans-Beriso, Elena; Babb-de-Villiers, C; Petrova, D; Barahona-López, Cristina; Diez-Echave, Paul; Hernández, Orlando; Fernández-Martínez, N F; Turner, H; García-Ovejero, Ester; Craciun, Oana Marilena; Fernandez-Navarro, Pablo L; Fernandez de Larrea-Baz, Nerea; García-Esquinas, Esther; Kuhn, I; Jimenez-Planet, Virginia; Moreno, V; Rodríguez-Artalejo, F; Sánchez, M J; Pollan-Santamaria, Marina; Blackburn, L; Kroese, M; Perez-Gomez, Beatriz; Unión Europea. Comisión Europea. Horizonte Europa; UK Research and Innovation
    Introduction: Personalised prevention aims to delay or avoid disease occurrence, progression, and recurrence of disease through the adoption of targeted interventions that consider the individual biological, including genetic data, environmental and behavioural characteristics, as well as the socio-cultural context. This protocol summarises the main features of a rapid scoping review to show the research landscape on biomarkers or a combination of biomarkers that may help to better identify subgroups of individuals with different risks of developing specific diseases in which specific preventive strategies could have an impact on clinical outcomes. This review is part of the "Personalised Prevention Roadmap for the future HEalThcare" (PROPHET) project, which seeks to highlight the gaps in current personalised preventive approaches, in order to develop a Strategic Research and Innovation Agenda for the European Union. Objective: To systematically map and review the evidence of biomarkers that are available or under development in cancer, cardiovascular and neurodegenerative diseases that are or can be used for personalised prevention in the general population, in clinical or public health settings. Methods: Three rapid scoping reviews are being conducted in parallel (February-June 2023), based on a common framework with some adjustments to suit each specific condition (cancer, cardiovascular or neurodegenerative diseases). Medline and Embase will be searched to identify publications between 2020 and 2023. To shorten the time frames, 10% of the papers will undergo screening by two reviewers and only English-language papers will be considered. The following information will be extracted by two reviewers from all the publications selected for inclusion: source type, citation details, country, inclusion/exclusion criteria (population, concept, context, type of evidence source), study methods, and key findings relevant to the review question/s. The selection criteria and the extraction sheet will be pre-tested. Relevant biomarkers for risk prediction and stratification will be recorded. Results will be presented graphically using an evidence map. Inclusion criteria: Population: general adult populations or adults from specific pre-defined high-risk subgroups; concept: all studies focusing on molecular, cellular, physiological, or imaging biomarkers used for individualised primary or secondary prevention of the diseases of interest; context: clinical or public health settings. Systematic review registration: https://doi.org/10.17605/OSF.IO/7JRWD (OSF registration DOI).
  • Publication
    Interactive Gap Maps on Available Biomarkers for Risk Prediction and Stratification in Cancer, Cardiovascular, and Neurodegenerative Diseases (PROPHET Project)
    (2023) Plans-Beriso, Elena; Babb-de-Villiers, Chantal; Petrova, Dafina; Barahona-López, Cristina; Diez-Echave, Paul; Hernández, Orlando; Fernández-Martínez, Nicolás Francisco; Turner, Heather; García-Ovejero, Ester; Craciun, Oana Marilena; Fernandez-Navarro, Pablo L; Fernandez de Larrea-Baz, Nerea; García-Esquinas, Esther; Kuhn, Isla; Jimenez-Planet, Virginia; Rodríguez-Artalejo, Fernando; Sánchez, Maria-José; Pollan-Santamaria, Marina; Blackburn, Laura; Kroese, Mark; Perez-Gomez, Beatriz; Unión Europea. Comisión Europea. Horizonte Europa; UK Research and Innovation
    [EN] The PROPHET project (“PeRsOnalized Prevention roadmap for the future HEalThcare”), funded by the European Union's Horizon Europe research and innovation program, aims to assess the effectiveness, clinical utility, key success factors, and gaps in personalised preventive approaches for healthcare settings. One of the main task focuses on biomarkers for personalised prevention in the general adult population and their integration with digital technologies. The objective of the task is to highlight gaps in biomarkers research for primary and secondary prevention for cancer, cardiovascular, and neurodegenerative diseases. Three rapid scoping reviews were conducted in parallel by three research teams, one for each group of diseases: cancer, cardiovascular and neurodegenerative diseases. The reviews used a common protocol and framework for searching, data extraction and the representation of results, with disease specific corresponding information and specifications. The following evidence and gap map is a product of these scoping reviews. [ES] El proyecto PROPHET (“PeRsOnalized Prevention roadmap for the future HEalThcare”), financiado por el programa de investigación e innovación Horizonte Europa de la Unión Europea, tiene como objetivo evaluar la eficacia, la utilidad clínica, los factores clave de éxito y las lagunas en los enfoques preventivos personalizados para entornos sanitarios. Una de las principales tareas se centra en los biomarcadores para la prevención personalizada en la población adulta general y su integración con las tecnologías digitales. El objetivo de la tarea es resaltar las lagunas en la investigación de biomarcadores para la prevención primaria y secundaria del cáncer, enfermedades cardiovasculares y neurodegenerativas. Tres equipos de investigación llevaron a cabo en paralelo tres revisiones rápidas de alcance, una para cada grupo de enfermedades: cáncer, enfermedades cardiovasculares y neurodegenerativas. Las revisiones utilizaron un protocolo y un marco común para la búsqueda, la extracción de datos y la representación de los resultados, con la información y especificaciones correspondientes específicas de la enfermedad. La siguiente evidencia y mapa de brechas es producto de estas revisiones de alcance.
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    REPISALUD (REPositorio Institucional de SALUD del Instituto de Salud Carlos III), una infraestructura digital abierta y colaborativa
    (2023-10-20) Jimenez-Planet, Virginia; Hernandez Villegas, Silvia; Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología
    [ES] Introducción: REPISALUD, el REPositorio Institucional de SALUD del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y sus Fundaciones, está desarrollando un proyecto de ampliación para albergar la producción científica en abierto de otras instituciones de investigación sanitaria, en concreto de los Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) acreditados por el ISCIII. Objetivos: Realizar un análisis de la puesta en marcha y evolución del proyecto de integración y difundir los resultados del plan estratégico llevado a cabo hasta el momento actual. Material y método: Se han revisado los informes y el material generado en el proyecto, las actividades llevadas a cabo y la planificación estratégica prevista a corto y medio plazo. Se ha analizado la producción científica que generan los IIS: cómo la recuperan, gestionan, almacenan, preservan y difunden. Se han planificado los desarrollos técnicos y documentales y la compatibilidad de los registros y metadatos a través de un estudio técnico de integración. Resultados: Se ha desplegado la estructura y colecciones de cada IIS mapeando la producción en colaboración. Se han habilitado las plantillas de metadatos necesarias y normalizadas conforme a estándares internacionales. La integración de la producción científica en abierto de los centros piloto está prevista antes de finalizar el año. Discusión-conclusiones: La apertura de Repisalud a otras instituciones del ámbito biomédico es una realidad gracias al trabajo colaborativo en red de diversos agentes con equipos multidisciplinares. La integración de la producción científica en abierto de dichas instituciones y de otras futuras organizaciones y redes, contribuirá a mejorar la difusión y el libre acceso a los resultados de investigación en ciencias de la salud, aumentará la visibilidad, el impacto y la transferencia del conocimiento abierto de la investigación financiada con fondos públicos e impulsará la ciencia de excelencia en abierto, con el fin último de convertirse en un bien común al servicio de la sociedad. [EN] Introduction: REPISALUD, the Health Institutional Repository of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) and its Foundations, is developing an expansion project to host the open scientific production of other health research institutions, specifically the Health Research Institutes (IIS) accredited by the ISCIII. Objectives: To carry out an analysis of the implementation and evolution of the integration project and to disseminate the results of the strategic plan carried out to date. Material and method: The reports and material generated in the project, the activities carried out and the strategic planning foreseen in the short and medium term have been reviewed. The scientific production generated by the IIS has been analysed: how it is retrieved, managed, stored, preserved and disseminated. The technical and documentary developments and the compatibility of records and metadata have been planned through a technical integration study. Results: The structure and collections of each IIS have been deployed by mapping collaborative production. The necessary metadata templates have been enabled and normalised according to international standards. The integration of the open scientific production of the pilot centres is planned before the end of the year. Discussion-conclusions: The opening of Repisalud to other institutions in the biomedicine field is a reality thanks to the collaborative networking of various agents with multidisciplinary teams. The integration of the open scientific production of these institutions and other future organisations and networks will contribute to improving the dissemination and free access to research results in health sciences, increase the visibility, impact and transfer of open knowledge of public funded research and promote open science of excellence, with the ultimate aim of becoming a common good serving society.
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    Bibliotecarias de enlace para las revisiones sistemáticas, realizadas por residentes en el Curso Superior de Medicina del Trabajo: protocolo de buenas prácticas
    (2023-10-20) Jimenez-Planet, Virginia; Grifol Clar, Eulàlia; Cortes-Barragan, Rosana
    [ES] Introducción: El Programa de Formación de los Residentes de Medicina del Trabajo se denomina “Curso Superior en Medicina del Trabajo (CUSMET)”. El alumnado recibe formación básica en la especialidad impartida por la Escuela Nacional de Medicina del Trabajo (ENMT) del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). Se trata de un programa ampliamente consolidado desde hace 16 años en el que participan alrededor de 60 alumnos. Los residentes realizan un trabajo de revisión sistemática de la literatura basada en la evidencia, en el que adquieren competencias en el diseño de estrategias de búsqueda avanzada y habilidades de lectura crítica. El CUSMET cuenta con bibliotecarias de enlace, especializadas en ciencias de la salud y expertas en búsquedas bibliográficas de revisiones sistemáticas para formar al alumnado. Objetivos: Analizar si la utilización de un protocolo de buenas prácticas realizado por las bibliotecarias de enlace y dirigido al alumnado en la tutorización de sus trabajos de revisión sistemática les ayuda a mejorar el diseño de sus estrategias búsqueda. Material y Método: Se ha realizado un análisis de las encuestas de valoración del alumnado sobre la participación de las bibliotecarias en la docencia y seguimiento de la fase de búsqueda de literatura científica en dos cursos consecutivos con y sin establecimiento del protocolo. Resultados: El protocolo está basado en 5 ítems que describen los procesos para la realización de las fases del diseño de la búsqueda bibliográfica correctamente. Las encuestas de evaluación del curso actual muestran en el apartado “Realizar búsquedas en la bibliografía o fondos documentales sobre conocimientos específicos del programa” un 4,7 la expectativa y un 4,5 el logro, lo que indica una mejor calidad en la docencia y tutorización recibida habiendo establecido un protocolo previo frente a los resultados del año anterior. Discusión-conclusiones: La participación de las bibliotecarias es necesaria para que los alumnos adquieran competencias en el diseño de las estrategias de búsqueda de forma eficiente. Tutorizar al alumnado con un protocolo consensuado por las bibliotecarias de enlace facilita la integración de todos los aspectos de las fases del diseño de búsqueda bibliográfica de sus trabajos con éxito. [EN] Introduction: The Occupational Medicine Resident Training Programme is called "Advanced Course in Occupational Medicine (CUSMET)". Students receive basic training in the specialty provided by the National School of Occupational Medicine (ENMT) of the Carlos III Institute of Health (ISCIII). This is a programme that has been widely consolidated for 16 years and in which around 60 students participate. Residents carry out a systematic review of the evidence-based literature, in which they acquire competencies in the design of advanced search strategies and critical reading skills. CUSMET has liaison librarians specialised in health sciences and experts in bibliographic searches of systematic reviews to train the students. Objectives: To analyse whether the use of a protocol of good practices carried out by the liaison librarians and aimed at students helps them to improve the design of their search strategies by tutoring their systematic review work. Material and Method: An analysis was made of the student evaluation surveys on the librarians’ participation in the teaching and monitoring of the scientific literature search phase. The analysis comprised two consecutive academic years with and without the establishment of the protocol. Results: The protocol is based on 5 items that describe the steps which grant a correct development of the literature search design phases. The evaluation surveys for the current academic year score 4.7 in the section "Conduct searches in the bibliography or documentary collections on specific knowledge of the programme" as the expectation and 4.5 as the achievement, which indicates a better quality in the teaching and tutoring received when established a protocol compared to the results of the previous year. Discussion-conclusions: The librarians’ participation is necessary for students to acquire competences in the design of efficient search strategies. Tutoring students with an agreed protocol facilitate integration of all aspects of the bibliographic search design phases of their work successfully.
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    Una mirada a los Institutos de Investigación Sanitaria: más visibilidad para sus resultados de investigación
    (2023-10-20) Hernandez Villegas, Silvia; Jimenez-Planet, Virginia; Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología
    [ES] Introducción: Los Institutos de Investigación Sanitaria (IIS) conforman un importante núcleo de instituciones generadoras de conocimiento e innovación del Sistema Nacional de Salud. Actualmente hay 35 IIS acreditados por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). Estas entidades de I+D+i de ámbito sanitario de España, son autoras de más de 35.000 publicaciones. Objetivos: Realizar un análisis de la visibilidad de la producción científica generada por los 35 IIS acreditados y su disponibilidad en plataformas digitales. Material y método: Se han revisado los últimos datos completos disponibles en las memorias científicas publicadas por los IIS (2021), en lo que a resultados de investigación y política de Open Access se refiere. Se ha estudiado la presencia y visibilidad que tienen en portales del investigador, portales webs y si utilizan repositorios para dar visibilidad a su producción. Resultados: El 53% de los IIS tienen colecciones propias en repositorios de salud de las Comunidades Autónomas, un 29% tienen colecciones en los repositorios de las Universidades, un 59% dispone de portales del investigador y un 17% tiene su sistema de gestión de la investigación institucional (CRIS) recolectado por “RECOLECTA” (FECYT). El 59% incluye listados de su producción en las memorias científicas anuales y el 38% únicamente las publicaciones con mayor factor de impacto. El 60% de la producción de los IIS son artículos de investigación en acceso abierto (17.459 artículos OA). Discusión-conclusiones: Los IIS tienen controlada su producción científica de forma interna. Además de publicar listados de su producción o las publicaciones con mayor factor de impacto en las memorias científicas, están incrementando de forma considerable su presencia en repositorios y portales del personal investigador. Apenas visibilizan otros resultados de investigación (datasets, Planes de Gestión de Datos, otras tipologías documentales), no gestionados o dispersos en varias plataformas digitales. En conjunto realizan un gran trabajo colaborativo de alta calidad. La utilización de sistemas interoperables y la colaboración entre diferentes agentes les permitirá cumplir con los estándares y mandatos, aumentar la visibilidad, preservar y elevar aún más el impacto de sus resultados de investigación. [EN] Introduction: The Biomedical Research Institutes (IIS) make up an important nucleus of institutions generating knowledge and innovation in the National Health System. There are currently 35 IIS accredited by the Carlos III Health Institute (ISCIII). These health R&D&I entities in Spain have produced more than 35,000 publications. Objectives: To carry out an analysis of the visibility of the scientific production generated by the 35 accredited IIS and its availability on digital platforms. Material and method: We have reviewed the latest complete data available in the scientific reports published by the IIS (2021), in terms of research results and Open Access policies. We looked at their presence and visibility on researcher portals, web portals and whether they use repositories to give visibility to their production. Results: 53% of the IIS have their own collections in health repositories of the Autonomous Communities, 29% have collections in university repositories, 59% have researcher portals and 17% have their current research information system (CRIS) collected by "RECOLECTA" (FECYT). 59% include lists of their production in the annual scientific reports and 38% include only the publications with the highest impact factor. 60% of the IIS production is open access research articles (17,459 OA articles). Discussion-conclusions: IIS manage their scientific output internally. In addition to publishing lists of their production or the publications with the highest impact factor in scientific reports, they are significantly increasing their presence in repositories and researcher portals. Other research results (datasets, data management plans, other types of documents), which are not managed or are scattered across different digital platforms, are barely visible. Overall, they carry out a great deal of high quality collaborative work. The use of interoperable systems and collaboration between different actors will allow them to comply with standards and mandates, increase visibility, preserve and further enhance the impact of their research results.
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    Las tecnologías 2.0 en las revistas de ciencias de la salud españolas
    (2011) Bojo Canales, Cristina; Novillo Ortiz, Angelica; Primo-Peña, Elena
    [ES] Introducción: El uso de las nuevas tecnologías procedentes de la llamada web 2.0 ( blogs, videos, podcast, presencia en redes sociales...) son innovaciones tecnológicas que están siendo incorporadas de manera muy rápida por la sociedad como un medio de generar y comunicar información así como para la generación de redes sociales de intereses y aficiones personales y profesionales comunes. Las revistas científicas, principal vehículo de comunicación y difusión de los resultados de la investigación durante siglos, comienzan, lentamente, a utilizar estas herramientas tecnológicas para mejorar la comunicación entre científicos, autores y lectores. Objetivo: analizar cómo las tecnologías propias de la llamada web social o web 2.0 se están implantando en las revistas científicas españolas de ciencias de la salud. Material y métodos: como muestra de estudio se ha tomado el conjunto de revistas indizadas en la base de datos IBECS (Indice Bibliogáfico Español en Ciencias de la Salud). De cada una de los 160 títulos recogidos en IBECS se ha realizado una valoración individual de su sitio web, analizando qué herramientas o funcionalidades tecnológicas propias de la web 2.0 están presentes en ellas. Se ha tenido en cuenta la presencia de algunas de estas revistas en diferentes portales, tomando como base para el análisis aquel que presentaba más elementos o herramientas propias de la tecnología 2.0. Las variables analizadas han sido las siguientes: existencia de canales de comunicación participativa (blogs, foros, chats...); presencia en redes sociales y comunidades 2.0 (Facebook, Twitter, Second Life...); vinculación con gestores de referencias bibliográficas y marcadores sociales (connotea, delicious...); oferta de canales de sindicación de contenidos (RSS); posibilidad de descarga de podcasts, videos, fotos y otros formatos (presentaciones ppt). Resultados: en general, el panorama 2.0 en el ámbito de las revistas de ciencias de la salud españolas podría calificarse como pobre y la adopción de este tipo de tecnologías es aún poco generalizado, en comparación con algunas de las revistas científicas de mayor prestigio en el panorama internacional. Entre las herramientas 2.0 más populares en estas revistas se encuentran los RSS. [EN] Introduction: The use of the new technologies derived from the so called web 2.0 (blogs, videos, podcast, social networks,…) is an innovation that is being very rapidly assimilated by society as a way to generate and communicate information and to build social networks based on professional and personal common interests. Journals have been the main science communication channel for centuries, and are now slowly starting to use this internet tools to improve the communication between scientists, authors and readers. Objectives: To analyze the implantation of 2.0 technologies in Spanish health science journals. Methods and Materials: The journals indexed in IBECS database (Spanish Bibliographic Index on Health Science) have been selected as an study sample. Each of the 160 journals has had its web site individually evaluated, analyzing which of the 2.0 technologies and tools are present. When a journal appears in more than one portal, the one that includes more web 2.0 tools is selected. The variables analyzed were the following: existence of participatory communication channels (blogs, forums, chats ...); presence on social networks and communities 2.0 (Facebook, Twitter, Second Life ...); links with reference managers and social bookmarking (connotea, delicious ...); content syndication channels (RSS), ability to download podcasts, videos, photos and other formats (ppt presentations…) Results: in general, the landscape 2.0 in the field of Spanish health science journals could be described as poor. The adoption of these kind of technologies is still not widespread, compared to some of the most prestigious scientific journals in the international scene. The most popular web 2.0 tools used by Spanish health science journals are RSS feeds.
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    SciELO: un proyecto cooperativo para la difusión de la ciencia
    (Sociedad Española de Sanidad Penitenciaria (SESP), 2009) Bojo Canales, Cristina; Fraga-Medin, Cristina Alexandra; Hernandez Villegas, Silvia; Primo-Peña, Elena
    [ES] Se describe el modelo SciELO (Scientific Electronic Library Online) para la publicación y difusión electrónica de revistas científicas, su origen y evolución, su metodología, componentes, servicios y potencialidades, así como su implantación en España. Con 13 países participantes que suponen 8 portales certificados y 5 portales en desarrollo, más dos portales temáticos, en febrero de 2009 SciELO.org recogía 611 revistas y 195.789 artículos, de los cuales el 46% eran de Ciencias de la Salud, lo que lo convierte en una de las iniciativas de acceso abierto más importantes de cuantas existen. España se une al proyecto en 1999 y lanzó su portal "SciELO España" en 2001, con 4 revistas. En la actualidad incluye 39 títulos del área de Ciencias de la Salud, entre ellos la Revista Española de Sanidad Penitenciaria que se ha incorporado a la colección en 2007 y tiene accesibles 6 números correspondientes a los años 2007 y 2008. Se concluye afirmando que el modelo SciELO contribuye al desarrollo de la investigación y la ciencia, ofreciendo una solución eficiente y eficaz para impulsar y aumentar la difusión de las publicaciones científicas del área iberoamericana. [EN] The article describes the SciELO (Scientific Electronic Library Online) model for the electronic publication and dissemination of scientific journals, its origin and evolution, methodology, components, services and potential, and its implantation in Spain. It consists of thirteen participant countries with eight certified web portals, with another 5 under development and another two thematic ones. In February 2009 Scielo.org had 611 magazines and 195,789 articles of which 46% were about health sciences. Spain became a project member in 1999 and launched the SciELO web portal in 2001, as well as 4 magazines. It currently has 39 titles in the field of Health Sciences; one of which is the Revista Española de Sanidad Penitenciaria, which joined the project in 2007 and which currently has 6 issues from 2007 and 2008 available. This makes it one of the most important open access initiatives existing. The report concludes by stating that the SciELO model contributes to the development of research and science by offering an effective and efficient method of promoting and increasing the dissemination of scientific publications in Latin America.
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    Design and methodological characteristics of studies using observational routinely collected health data for investigating the link between cancer and neurodegenerative diseases: protocol for a meta-research study
    (BMJ Publishing Group, 2022-04-29) Catala-Lopez, Ferran; Driver, Jane A; Page, Matthew J; Hutton, Brian; Ridao, Manuel; Berrozpe-Villabona, Clara; Alonso-Arroyo, Adolfo; Fraga-Medin, Cristina Alexandra; Bernal-Delgado, Enrique; Valencia, Alfonso; Tabarés-Seisdedos, Rafael; Instituto de Salud Carlos III; Australian Research Council; Centro de Investigación Biomédica en Red - CIBERSAM (Salud Mental); RETICS-Servicios de Salud Orientados a Enfermedades Crónicas (REDISSEC-ISCIII) (España)
    Introduction: Health services generate large amounts of routine health data (eg, administrative databases, disease registries and electronic health records), which have important secondary uses for research. Increases in the availability and the ability to access and analyse large amounts of data represent a major opportunity for conducting studies on the possible relationships between complex diseases. The objective of this study will be to evaluate the design, methods and reporting of studies conducted using observational routinely collected health data for investigating the link between cancer and neurodegenerative diseases. Methods and analysis: This is the protocol for a meta-research study. We registered the study protocol within the Open Science Framework: https://osf.io/h2qjg. We will evaluate observational studies (eg, cohort and case-control) conducted using routinely collected health data for investigating the associations between cancer and neurodegenerative diseases (such as Alzheimer's disease, amyotrophic lateral sclerosis/motor neuron disease, Huntington's disease, multiple sclerosis and Parkinson's disease). The following electronic databases will be searched (from their inception onwards): MEDLINE, Embase and Web of Science Core Collection. Screening and selection of articles will be conducted by at least two researchers. Potential discrepancies will be resolved via discussion. Design, methods and reporting characteristics in each article will be extracted using a standardised data extraction form. Information on general, methodological and transparency items will be reported. We will summarise our findings with tables and graphs (eg, bar charts, forest plots). Ethics and dissemination: Due to the nature of the proposed study, no ethical approval will be required. We plan to publish the full study in an open access peer-reviewed journal and disseminate the findings at scientific conferences and via social media. All data will be deposited in a cross-disciplinary public repository.
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    Estudio bibliométrico de la Revista Española de Enfermedades Digestivas basado en indicadores SciELO en el periodo 2004-2018
    (Sociedad Española de Patología Digestiva (SEPD), 2021-05) Bojo Canales, Cristina; Perdiguero-Gil, Enrique
    [ES] El objetivo de este trabajo es mostrar, a través de un estudio de caso, la Revista Española de Enfermedades Digestivas (REED), las potencialidades de los indicadores ofrecidos por la red SciELO para la gestión de las revistas científicas. SciELO ofrece indicadores (producción, colaboración y uso) complementarios a los índices convencionales de análisis de la ciencia escrita. Para ilustrar sus aplicaciones se realizó un estudio bibliométrico y descriptivo de la producción científica publicada por la citada revista durante los años 2004-2018. En los últimos cinco años, la REED recibió 3.976.685 visitas. El segundo fascículo de 2007 ha sido el más consultado hasta ahora. Se han publicado 173 números, 1.810 artículos citables, 2.927 documentos y 47.645 referencias, con un aumento del 268 % en cuanto al número de artículos publicados. Los casos clínicos fueron los más numerosos. La REED recibió un total de 3.613 citas, con un 60 % de autocitación. El 42 % de los documentos publicados tiene procedencia española frente a un 10,6 % de procedencia extranjera. Hay predominio de la autoría grupal sobre la investigación individual, con mediana y moda igual a 5. El índice de cooperación fue de 5,12. El factor de impacto (FI) más alto fue de 0,492 en 2008. Las revistas más citadas por la REED son todas extranjeras y pertenecen al área de Gastroenterología y Hepatología del Science Citation Index. [EN] The aim of this study was to show the potentialities offered by the SciELO network indicators for the management of scientific journals, via a case study involving the Revista Española de Enfermedades Digestivas (REED). SciELO offers indicators (production, collaboration, use) that complement the conventional analysis indices used for written science. In order to illustrate their use as a bibliometric, a descriptive study was performed of the scientific production published by the above-mentioned journals during the period 2004-2018. In the last five years, REED received 3,976,685 visits. The second issue from 2007 was the most widely accessed sample to date. A total of 173 issues, 1,810 citable articles, 2,927 documents and 47,645 references have been published, with the number of published papers increasing by 268 %. Clinical case reports make up the highest number. REED received a total of 3,613 citations, with a self-citation rate of 60 %. Of all published documents, 42 % originated in Spain and 10.6 % abroad. Group authorship predominates over individual authors, with a median and mode of 5. The cooperation index was 5.12. The highest impact factor was 0.492 in 2008. The journals most commonly cited by REED are all foreign publications in the Gastroenterology and Hepatology section of the Science Citation Index.
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    Overview of BioASQ 2021-MESINESP track. Evaluation of advance hierarchical classification techniques for scientific literature, patents and clinical trials
    (CEUR Workshop Proceedings, 2021-08) Gasco, Luis; Nentidis, Anastasios; Krithara, Anastasia; Estrada-Zavala, Darryl; Murasaki, Renato Toshiyuki; Primo-Peña, Elena; Bojo Canales, Cristina; Paliouras, Georgios; Krallinger, Martin; Plan for advancement of Language Technologies (Plan TL)
    There is a pressing need to exploit recent advances in natural language processing technologies, in particular language models and deep learning approaches, to enable improved retrieval, classification and ultimately access to information contained in multiple, heterogeneous types of documents. This is particularly true for the field of biomedicine and clinical research, where medical experts and scientists need to carry out complex search queries against a variety of document collections, including literature, patents, clinical trials or other kind of content like EHRs. Indexing documents with structured controlled vocabularies used for semantic search engines and query expansion purposes is a critical task for enabling sophisticated user queries and even cross-language retrieval. Due to the complexity of the medical domain and the use of very large hierarchical indexing terminologies, implementing efficient automatic systems to aid manual indexing is extremely difficult. This paper provides a summary of the MESINESP task results on medical semantic indexing in Spanish (BioASQ/ CLEF 2021 Challenge). MESINESP was carried out in direct collaboration with literature content databases and medical indexing experts using the DeCS vocabulary, a similar resource as MeSH terms. Seven participating teams used advanced technologies including extreme multilabel classification and deep language models to solve this challenge which can be viewed as a multi-label classification problem. MESINESP resources, we have released a Gold Standard collection of 243,000 documents with a total of 2179 manual annotations divided in train, development and test subsets covering literature, patents as well as clinical trial summaries, under a cross-genre training and data labeling scenario. Manual indexing of the evaluation subsets was carried out by three independent experts using a specially developed indexing interface called ASIT. Additionally, we have published a collection of large-scale automatic semantic annotations based on NER systems of these documents with mentions of drugs/medications (170,000), symptoms (137,000), diseases (840,000) and clinical procedures (415,000). In addition to a summary of the used technologies by the teams, this paper
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    Open access editorial policies of SciELO health sciences journals
    (SAGE Publishing, 2021-07) Bojo Canales, Cristina; Melero, Remedios
    SciELO promotes open access and cooperative publication of scholarly journals, based mainly in Latin America, the Caribbean, Spain and Portugal. SciELO was created to offer solutions to increase the visibility of participating journals and facilitate free access to their full texts. This work aims to analyse the open access editorial policies implemented by the health sciences journals of the SciELO network (411 journals at the time of this study) in terms of authors’ rights, copyright issues, self-archiving policies and openness. From SciELO health sciences journals network, 92% of the 411 journals use a Creative Commons licence, 89% require transfer of author copyright and 14% apply author processing charges. According to the past SHERPA/RoMEO taxonomy of self-archiving policies, 8.5% of the journals were classified as white, 81.5% blue and 10% green. The openness of journals calculated through the Open Access Spectrum approach was higher than 60% in more than 80% of the total journals. Out of the 411 journals in SciELO portals, 380 have their own website. Discrepancies were found between licences stated in SciELO compared with the ones used in their websites, mainly due to the lack of declared licences in either of the two sources or because the licences did not match. The licences used on the websites and in SciELO were also compared with their corresponding records in the Directory of Open Access Journals and Crossref, and again the differences were narrowly related to the data supplier.
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    Consecuencias en la Producción Científica de la Covid-19.
    (Ministerio de Sanidad y Consumo (España), 2021-05-27) Estrada-Lorenzo, José Manuel; Medino-Muñoz, Juan; Rebollo-Rodríguez, María José; Campos-Asensio, Concepción; Primo-Peña, Elena
    [ES] El impacto y la universalidad de la pandemia de SARS-CoV-2 han provocado en el mundo entero la necesidad de disponer de información científica de una forma rápida y accesible para la correcta toma de decisiones entre los profesionales sanitarios. Por ello, en 10 meses la producción científica sobre este nuevo coronavirus ha superado la cifra de los 66.000 artículos, según la base de datos LitCovid creada por la National Library of Medicine, duplicándose y triplicándose la cantidad cada pocas semanas. Esta misma urgencia ha caracterizado algunos de los rasgos principales que han definido esta voluminosa producción, además de su continuo y exponencial crecimiento, como son una mayor difusión en acceso abierto y en repositorios de pre-prints, una cierta aceleración en el proceso de revisión de manuscritos por parte de las editoriales y una abundancia de artículos de opinión, recomendaciones o comentarios frente a un menor número de artículos originales con datos clínicos de grandes grupos de pacientes. [EN] The impact and the universality of the pandemic by SARS-CoV-2 has caused the need to have information quickly and accessible for the benefit of decision-making among healthcare professionals. In 10 months the scientific production on this new coronavirus has exceeded the number of 66 thousand articles, according to the LitCovid database, created by the National Library of Medicine, doubling and tripling every few weeks. This same urgency has characterized some of the main features of this voluminous production, in addition to its continuous and exponential growth, such as greater dissemination in open access and preprint repositories, a certain acceleration in the manuscript review process by editorials and an abundance of opinion articles, recommendations or comments compared to a smaller number of original articles with clinical data from large groups of patients.
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    Análisis bibliométrico de la Revista Española de Quimioterapia (1996-2000)
    (Sociedad Española de Quimioterapia (SEQ), 2004-06) Bojo Canales, Cristina; Carabantes Alarcón, D; Veiga de Cabo, Jorge; Martínez Hernández, D
    [ES] Se ha realizado un estudio bibliométrico de la producción científica española en materia de quimioterapia antimicrobiana y antiparasitaria a través de los artículos recogidos en Revista Española de Quimioterapia durante el periodo 1996-2000. Para ello se analizaron los veinte nú-meros de la revista correspondientes a los cinco años estudiados mediante la aplicación de los principales indicadores de bibliometría: tipología de los artículos, producción, áreas de Bradford y estimación de Lotka, índice de colaboración, procedencia institucional, localización geográfica, materia y publicidad. Son mayoría los artículos originales, se ha identificado un grupo minoritario de autores muy productivos y un grado adecuado de colaboración. Las comunidades autónomas de Madrid y Valencia concentran el mayor porcentaje de la producción científica. La procedencia de los trabajos fue principalmente del medio hospitalario. La materia más estudiada fue la de los antimicrobianos.Se ha observado una disminución de la publicidad. [EN] A bibliometric study of the output of Spanish scientific research into antimicrobial and antiparasitic chemotherapy was carried out, based on articles published in the Spanish Journal of Chemotherapy from 1996 to 2000. The 20 issues of the journal corresponding to the 5-year period studied were analyzed using the main indicators for bibliometry: article typology; output; Bradford's Law and Lotka's estimation; collaboration index; institutional origin; geographic location; subject; and advertising. The majority of the articles were original, and a small group of high-output authors and an appropriate level of contribution were identified. The greatest percentage of scientific output was from the autonomous regions of Madrid and Valencia. The majority of studies included in the analysis were hospital-based and the most researched topic was antimicrobial drugs. A reduction in the amount of advertising was noted.
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    Tendencias de las búsquedas de información sobre las colecciones SciELO, Redalyc y Dialnet realizadas a través de Google
    (Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), 2021-05) Bojo Canales, Cristina; Sanz-Lorente, María; Sanz-Valero, Javier
    [ES] El objetivo del presente estudio fue analizar la tendencia de las búsquedas de información sobre las colecciones bibliográficas SciELO, Redalyc y Dialnet, que se realizan a través de Google. A partir de los resultados obtenidos se observó un claro predomino en las búsquedas, en su país de origen y filiación de cada una de las colecciones: SciELO en Brasil, Redalyc en México y Dialnet en España. La colección más buscada fue SciELO en todo el periodo de tiempo analizado y si bien se constató un crecimiento en el volumen de búsqueda relativo (VBR) tanto en las búsquedas sobre Redalyc y Dialnet, no sucedió así en el de SciELO. En ninguna de ellas se pudo observar un hito claramente destacable. Solo se pudo demostrar una moderada asociación entre los VBR de SciELO y Dialnet y leve entre los Redalyc y Dialnet. [EN] The present research was aimed to analyze the trend of information searches on SciELO, Redalic and Dialnet bibliography collections conducted through Google. From the obtained results, it was possible to conclude that in their home country and affiliation of each collection it was observed a high incidence in the following searches: SciELO in Brasil, Redalyc in México and Dialnet in Spain. Throughout the analyzed period, the most sought-after collection was SciELO, although, it was verified a relative search volumen (RSV) both in Redalic and Dialnet searches, this did not befall in the case of SciELO. In none of them has been possible to behold a remarkable landmark. Merely it could be shown a moderate association between the RSV of SciELO and Dialnet and slight between the Redalyc and Dialnet.
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    ¿Quién teme al open access? Un movimiento en crecimiento, oportuno y necesario
    (Elsevier, 2015) Galan, Iñaki; Perez-Gomez, Beatriz; Primo-Peña, Elena
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    A bibliometric study of Revista Española de Enfermedades Digestivas(REED) based on SciELO indicators for the period 2004-2018
    (Sociedad Española de Patología Digestiva (SEPD), 2020-11-24) Bojo Canales, Cristina; Perdiguero-Gil, Enrique
    The goal of this work was to show, through a case study involving the Revista Española de Enfermedades Digestivas (REED), the potentialities offered by the SciELO network indicators for the management of scientific journals. SciELO offers indicators (production, collaboration, use) that complement the conventional analysis indices used for written science. In order to illustrate their uses a bibliometric, descriptive study was undertaken of the scientific production published by the above-mentioned journal over the period 2004-2018. In the last 5 years REED received 3,976,685 visits. The second issue of 2007 is the most widely accessed sample to this day. A total of 173 issues, 1,810 citable articles, 2,927 documents, and 47,645 references have been published, with the number of published papers increasing by 268%. Clinical case reports make up the highest number. REED received a total of 3,613 citations, with 60% of self-citation. Of all published documents, 42% originate in Spain and 10.6% abroad. Group authorship predominates over individual authors, with a median and mode of 5. The cooperation index was 5.12. The highest impact factor was 0.492 in 2008. The journals most commonly cited by REED are all foreign publications in the Gastroenterology and Hepatology section of the Science Citation Index.
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    Indicadores de impacto y de prestigio de las revistas de ciencias de la salud indizadas en la red SciELO: estudio comparativo
    (Ministerio de Sanidad (España), 2020-09) Bojo Canales, Cristina; Sanz-Valero, Javier
    [ES] Fundamentos: La utilización de indicadores bibliométricos para medir la calidad de las revistas científicas es una práctica generalizada en todos los ámbitos de la ciencia. Las bases de datos WoS y Scopus siguen siendo las fuentes de referencia en la obtención de indicadores biblométricos. Han surgido otras como la red SciELO que ofrecen indicadores de la ciencia iberoamericana, escasamente recogida en WoS y Scopus. El objetivo de este trabajo fue analizar la asociación de los indicadores propuestos por SciELO para las revistas de ciencias de la salud, con los indicadores de impacto más utilizados y estudiar la complementariedad de los indicadores de prestigio existentes. Métodos: Estudio analítico correlacional entre los indicadores ofrecidos por SciELO con los indicadores de impacto y prestigio de Journal Citation Report, Scopus y Web of Science. Se estudiaron los resultados de la anualidad 2018 al ser la más actual de la que se disponían los datos completos. Se analizó la existencia de asociación entre las variables cualitativas mediante la prueba de la chi-cuadrado, y en las variables cuantitativas se realizó el análisis de la varianza (ANOVA) utilizando como prueba post hoc el método de Tukey. Para obtener la relación entre variables cuantitativas se usó el coeficiente de correlación de Pearson y para las variables ordinales el de Spearman. El nivel de significación utilizado en todos los contrastes de hipótesis fue α≤0,05. Resultados: El Factor de Impacto de SciELO presentó débil correlación tanto con el del Journal Citation Report (R=0,36; p=0,003), como con el Cite Score de Scopus (R=0,39; p=0,001). La asociación entre los índices H de la Web of Science y de Scopus, con el índice H de SciELO fue débil en ambos casos(R=0,45; p<0,001 y R=0,340; p=0,003). Conclusiones: Los indicadores propuestos por SciELO para las revistas de las ciencias de la salud no presentaron asociación con los de WoS o Scopus. La no relación entre el Factor de Impacto y el CiteScore con el Factor de Impacto de SciELO convierte a este último en una “metría” necesaria para valorar las revistas excluidas de la “corriente principal” y fundamentalmente las del área latinoamericana. No se ha demostrado necesidad de utilizar los indicadores de prestigio para cumplimentar a los de impacto. [EN] Background: The use of bibliometric indicators to measure the quality of scientific journals is a general practice in all areas of science. The WoS and Scopus databases continue to be the reference sources to obtain bibliographic indicators. Others such as SciELO network offer indicators about Ibero-American science, which are scarcely collected in WoS and Scopus. The aim of this work was to analyze the association of the indicators proposed by SciELO for health sciences journals, with the most widely used impact and indicators and to study the complementarity of the existing prestige indicators. Methods: Analytical correlational study between SciELO indicators, with impact and prestige indicators from Journal Citation Report, Scopus and Web of Science. The results refer to 2018, the most recent and complete data available. Association between the qualitative variables was analyzed using the chi-square test, and the analysis of variance (ANOVA) was performed for the quantitative variables using the Tukey method as a post hoc test. To obtain the relationship between quantitative variables, Pearson’s correlation coefficient was used and Spearman’s coefficient for ordinal variables. The level of significance used in all the hypothesis tests was α≤0.05. Results: The SciELO Impact Factor showed a weak correlation both, with Journal Citation Report (R=0.36; p=0.003), and Scopus Cite Score (R=0.39; p=0.001). The association between the H index of the Web of Science andthe H index of Scopus with the H index of SciELO was weak in both cases (R=0.45; p<0.001 and R=0.340; p=0.003). Conclusions: Indicators proposed by SciELO, for health journals, did not show an association with those of WoS or Scopus. The weak correlation between Impact Factor and Cite Score with SciELO Impact Factor, converts the latter into a necessary “metrics” to assess journals excluded from the “mainstream” and fundamentally those from the Latin American region. The need of using the prestige indicators to fill in the impact indicators, has not been proven in this study.
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    La revista TOG (A Coruña) y las nuevas formas de difusión del conocimiento científico
    (COTOGA. Colegio oficial de terapeutas ocupacionales de Galicia, 2020-05-30) Primo-Peña, Elena; Bojo Canales, Cristina; Fraga-Medin, Cristina Alexandra
    A lo largo de las últimas décadas, las nuevas tecnologías de la información y la comunicación unidas a una crisis en el sistema de publicación científica, han propiciado la expansión y consolidación del movimiento de acceso abierto a la ciencia. En este trabajo se abordan los profundos cambios y avances de la publicación científica en abierto y se analizan las nuevas formas de comunicar ciencia, algo que el nuevo coronavirus y la pandemia por COVID-19 que estamos sufriendo han puesto de manifiesto. La revista TOG (A Coruña) no ha sido ajena a las transformaciones de las publicaciones científicas y acaba de incorporarse al sitio SciELO España, lo que aumentará la visibilidad de sus contenidos y multiplicará su capacidad de difusión entre la comunidad científica de terapeutas ocupacionales, a la vez que se podrán obtener indicadores bibliométricos que den cuenta del comportamiento de la revista en esta plataforma.
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    El modelo SciELO en España: un proyecto pionero de acceso abierto
    (2020) Bojo Canales, Cristina; Fraga-Medin, Cristina Alexandra; Primo-Peña, Elena
    El proyecto SciELO se constituye como una iniciativa pionera del movimiento de acceso abierto para la publicación de revistas científicas editadas en países en desarrollo y de habla no inglesa. El artículo comienza revisando los orígenes del proyecto SciELO en Brasil en 1998 y su desarrollo como red cooperativa extendida a 14 países iberoamericanos y Sudáfrica. A continuación, se centra en la iniciativa española, SciELO España, que comienza a funcionar en 2001 con 4 revistas y que en la actualidad incluye 60 revistas y más de 40.000 artículos. Asimismo, se destacan los hitos conseguidos a nivel científico y de respaldo de la comunidad de editores científicos, como lo demuestran las cifras de visitas y descarga de contenidos que recibe, así como la incorporación de sus revistas en índices internacionales de prestigio como Web of Science y Scopus.