Método y kit para la detección molecular de Tropheryma whipplei

Abstract

La presente invención se refiere a un método para la detección de la bacteria Tropheryma whipplei en una muestra biológica aislada mediante la amplificación con pares de cebadores específicos de uno o más fragmentos de las secuencias nucleotídicas SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3, donde dichas secuencias corresponden, respectivamente, a secuencias parciales de la secuencia nucleotídica del gen que codifica para la proteína HSP (Heat shock protein) de 65 kDa, de la secuencia nucleotídica de NCDRC (Non coding degenerated repeat cluster) y de la secuencia nucleotídica del gen que codifica para una proteína de la familia WISP (WNT1 inducible signaling pathway) de Tropheryma whipplei. Preferiblemente la amplificación se lleva a cabo por medio de PCR multiplex.; La detección de los productos de la amplificación se lleva a cabo por medio de sondas específicas complementarias a dichos productos. Asimismo, la presente invención se refiere a un kit que comprende los cebadores y sondas específicas para la detección de Tropheryma whipplei.

REIVINDICACIONES: 1. Método para la detección de Tropher y ma whipplei que comprende: a. Obtener una muestra biológica aislada, b. poner la muestra del paso (a) , o parte de la misma, en contacto con una mezcla de reacción que contiene cebadores capaces de amplificar uno o más fragmentos de las secuencias nucleotídicas SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3, c. amplificar los fragmentos de las secuencias nucleotídicas según el paso (b) mediante la reacción en cadena de la polimerasa, y d. detectar y/o cuantificar los productos de la amplificación del paso (c) .

2. Método según la reivindicación 1, donde los cebadores del paso (b) son: a. SEQ ID NO: 4 y SEQ ID NO: 5 para amplificar el fragmento SEQ ID NO: 1, b. SEQ ID NO: 6 y SEQ ID NO: 7 para amplificar el fragmento SEQ ID NO: 2, y c. SEQ ID NO: 8 y SEQ ID NO: 9 para amplificar el fragmento SEQ ID NO: 3.

3. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 2, donde la amplificación se lleva a cabo por medio de PCR multiplex.

4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, donde la detección y/o cuantificación se lleva a cabo por medio de una o más sondas moleculares capaces de hibridar con cualquiera de los fragmentos de las secuencias nucleotídicas.

5. Método según la reivindicación 4, donde las sondas moleculares para llevar a cabo la detección y/o cuantificación son: a. SEQ ID NO: 10 para detectar y/o cuantificar SEQ ID NO: 1, b. SEQ ID NO: 11 para detectar y/o cuantificar SEQ ID NO: 2, y c. SEQ ID NO: 12 para detectar y/o cuantificar SEQ ID NO: 3.

6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 ó 5, donde además comprende sondas control capaces de hibridar con las secuencias modificadas de uno o más fragmentos de las secuencias nucleotídicas SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3.

7. Método según la reivindicación 6, donde las sondas control, capaces de hibridar con las secuencias modificadas de dichos fragmentos, son SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 y SEQ ID NO: 15.

8. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 7, donde la detección y/o cuantificación se lleva a cabo por medio de la hibridación de las sondas moleculares con las secuencias nucleotídicas amplificadas, en fase sólida.

9. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, donde la muestra biológica aislada es un fluido biológico o una biopsia de tejido biológico.

10. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, para la monitorización de la respuesta a un tratamiento de la enfermedad de Whipple, provocada por Tropher y ma whipplei.

11. Kit para la detección de Tropher y ma whipplei que comprende cebadores capaces de amplificar uno o más fragmentos de las secuencias nucleotídicas SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3.

12. Kit según la reivindicación 11, donde los cebadores son: a. SEQ ID NO: 4 y SEQ ID NO: 5 para amplificar la secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 1, b. SEQ ID NO: 6 y SEQ ID NO: 7 para amplificar la secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 2, y c. SEQ ID NO: 8 y SEQ ID NO: 9 para amplificar la secuencia nucleotídica SEQ ID NO: 3.

13. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 11 ó 12 que además comprende sondas moleculares capaces de hibridar con cualquiera de los fragmentos de las secuencias nucleotídicas.

14. Kit según la reivindicación 13, donde las sondas moleculares son SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11 y SEQ ID NO: 12.

15. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 13 ó 14 que además comprende las sondas control SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 y SEQ ID NO: 15, capaces de hibridar con secuencias modificadas de los fragmentos de dichas secuencias nucleotídicas

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