Sondas y metodos para la deteccion e identificacion simultanea de multiples virus causantes de infecciones respiratorias en humanos

Abstract

Se describen sondas y ensayos útiles para detectar simultáneamente, en una única muestra de ensayo, una pluralidad de secuencias de ácidos nucleicos de virus causantes de infecciones respiratorias en humanos seleccionados entre virus influenza tipo A, virus influenza tipo B, virus influenza tipo C, virus respiratorio sincitial humano tipo A, virus respiratorio sincitial humano tipo B, adenovirus humano, virus parainfluenza humano tipo 1, virus parainfluenza humano tipo 2, virus parainfluenza humano tipo 3, virus parainfluenza humano tipos 4 A y 4 B, enterovirus, rhinovirus, coronavirus humano tipo 229E, coronavirus humano tipo OC43, coronavirus causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS), metapneumovirus humano y combinaciones de los mismos.

REIVINDICACIONES: 1. Una plataforma de hibridación para identificar virus causantes de infecciones respiratorias en humanos seleccionados entre el virus influenza tipo A, el virus influenza tipo B, el virus influenza tipo C, el virus respiratorio sincitial humano tipo A (RSVA) , el virus respiratorio sincitial humano tipo B (RSVB) , adenovirus humano, el virus parainfluenza humano tipo 1 (PIV1) , el virus parainfluenza humano tipo 2 (PIV2) , el virus parainfluenza humano tipo 3 (PIV3) , los virus parainfluenza humano tipo 4A y 4B (PIV4A14B) , enterovirus, rhinovirus, coronavirus humano tipo 229E, coronavirus humano tipo OC43, coronavirus causante de SARS y metapneumovirus humano eventualmente presentes en una muestra de ensayo que comprende un soporte sólido, caracterizada por un conjunto de sondas inmovilizadas sobre dicho soporte sólido, constituido por las secuencias SEQ ID No 1, SEQ ID No 2, SEQ ID No 3, SEQ ID No 4, SEQ ID No 5, SEQ ID No 6, SEQ ID No 7, SEQ ID No 8, SEQ ID No 9, SEQ ID No 10, SEQ ID No 11, SEQ ID No 12, SEQ ID No 13, SEQ ID No 14, SEQ ID No15, SEQ ID No16, SEQ ID No 17, SEQ ID No 18 y SEQ ID No 19.

2. Plataforma de hibridación según la reivindicación 1, en la que dichas sondas están inmovilizadas sobre dicho soporte sólido en una disposición orientada.

3. Plataforma de hibridación según la reivindicación 1, en la que dichas sondas están inmovilizadas sobre dicha soporte sólido en una disposición no orientada.

4. Un método para identificar virus causantes de infecciones respiratorias en humanos seleccionados entre el virus influenza tipo A, el virus influenza tipo B, el virus influenza tipo C, el virus respiratorio sincitial humano tipo A (RSVA) , el virus respiratorio sincitial humano tipo B (RSVB) , adenovirus humano, el virus parainfluenza humano tipo 1 (PIV1) , el virus parainfluenza humano tipo 2 (PIV2) , el virus parainfluenza humano tipo 3 (PIV3) , los virus parainfluenza humano tipo 4A y 4B (PIV4A/4B) , enterovirus, rhinovirus, coronavirus humano tipo 229E, coronavirus humano tipo OC43, coronavirus causante de SARS y metapneumovirus humano eventualmente presentes en una muestra de ensayo caracterizado porque comprende las etapas siguientes:

a) Poner en contacto ácidos nucleicos diana procedentes de dicha muestra de ensayo con una plataforma de hibridación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3. b) Detectar la posible hibridación de dichas secuencias diana con las sondas constitutivas de dicha plataforma de hibridación. 5. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con una sonda seleccionada entre las secuencias SEQ ID No 1 y/o SEQ ID No 2 identifica la presencia del virus influenza tipo A.

6. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con una sonda seleccionada entre las secuencias SEQ ID No 3 y/o SEQ ID No 4 identifica la presencia del virus influenza tipo B.

7. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 5 identifica la presencia del virus influenza tipo C.

8. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con una sonda seleccionada entre las secuencias SEQ ID No 6 y/o SEQ ID No 7 identifica la presencia del virus respiratorio sincitial humano tipo A (RSVA) .

9. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 8 identifica la presencia del virus respiratorio sincitial humano tipo B (RSVB) .

10. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 9 identifica la presencia del adenovirus humano.

11. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 10 identifica la presencia del virus parainfluenza humano tipo 1 (PIV1) .

12. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 11 identifica la presencia del virus parainfluenza humano tipo 2 (PIV2) .

13. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 12 identifica la presencia del virus parainfluenza humano tipo 3 (PIV3) .

14. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 13 identifica la presencia de los virus parainfluenza humano tipo 4A y 4B (PIV4A/4B) .

15. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 14 identifica 1 a presencia de enterovirus.

16. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 15 identifica la presencia del rhinovirus.

17. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 16 identifica la presencia del coronavirus humano tipo 229E.

18. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 17 identifica la presencia del coronavirus humano tipo OC43.

19. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 18 identifica la presencia del coronavirus causante de SARS.

20. Un método según la reivindicación 4 caracterizado porque la hibridación de una secuencia diana de una muestra de ensayo con la sonda correspondiente a la secuencia SEQ ID No 19 identifica la presencia del metapneumovirus humano.

21. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que dicha muestra de ensayo es una muestra sospechosa de contener uno o más virus causantes de infección respiratoria en humanos seleccionados entre virus influenza tipo A, virus influenza tipo B, virus influenza tipo C, virus respiratorio sincitial humano tipo A, virus respiratorio sincitial humano tipo B, adenovirus humano, virus parainfluenza humano tipo 1, virus parainfluenza humano tipo 2, virus parainfluenza humano tipo 3, virus parainfluenza humano tipos 4 A y 4 B, enterovirus, rhinovirus, coronavirus humano tipo 229E, coronavirus humano tipo OC43, coronavirus causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS) , metapneumovirus humano y sus mezclas.

22. Método según la reivindicación 21, en el que dicha muestra de ensayo es una muestra biológica de origen humano o una muestra procedente de un cultivo celular de virus.

23. Método según la reivindicación 22, en el que dicha muestra biológica de origen humano es una muestra de un fluido biológico o una muestra de un tejido biológico.

24. Método según la reivindicación 23, en el que dicha muestra biológica de origen humano se selecciona entre sangre, esputo, gargarismo, frotis faríngeo, frotis nasofaringeo y aspirado nasofaríngeo, bronquial, traqueal o pleural.

25. Método según la cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que dicho soporte sólido es una membrana de nylon o una superficie de vidrio o cristal.

26. Método según la cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que dichas sondas están dispuestas sobre el soporte sólido en una disposición orientada.

27. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que dichas sondas están dispuestas sobre el soporte sólido en una disposición no orientada.

28. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que dichas sondas están dispuestas sobre el soporte sólido constituyendo un array.

29. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que dicho soporte sólido es un biochip en el que las sondas inmovilizadas están dispuestas en una disposición orientada constituyendo un array.

30. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que la detección de la hibridación [etapa b) ] se realiza mediante un método radiactivo.

31. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que la detección de la hibridación [etapa b) ] se realiza mediante un método no radiactivo.

32. Método según la reivindicación 31, en el que dicho método no radiactivo es un método fluorescente, colorimétrico, luminiscente, bioluminiscente o quimioluminiscente.

33. Método según cualquiera de las reivindicaciones 4 a 20, en el que, antes de realizar la etapa a) , se lleva a cabo una reacción de amplificación de los ácidos nucleicos de dichos virus causantes de infección respiratoria en humanos eventualmente presentes en la muestra de ensayo, utilizando iniciadores que flanquean secuencias diana específicas de cada uno de dichos virus causantes de infección respiratoria.

34. Método según la reivindicación 33, en el que dicha reacción de amplificación comprende una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) multiplex o una reacción de transcripción inversa (RT) - PCR multiplex.

35. Un Kit para identificar virus causantes de infecciones respiratorias en humanos seleccionados entre el virus influenza tipo A, el virus influenza tipo B, el virus influenza tipo C, el virus respiratorio sincitial humano tipo A (RSVA) , el virus respiratorio sincitial humano tipo B (RSVB) , adenovirus humano, el virus parainfluenza humano tipo 1 (PIV1) , el virus parainfluenza humano tipo 2 (PIV2) , el virus parainfluenza humano tipo 3 (PIV3) , los virus parainfluenza humano tipo 4A y 4B (PIV4A/4B) , enterovirus, rhinovirus, coronavirus humano tipo 229E, coronavirus humano tipo OC43, coronavirus causante de SARS y metapneumovirus humano eventualmente presentes en una muestra de ensayo caracterizado porque comprende una plataforma de hibridación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3.

36. Un Kit según la reivindicación 35 caracterizado porque comprende un conjunto de sondas constituido por las secuencias SEQ ID No 1, SEQ ID No 2, SEQ ID No 3, SEQ ID No 4, SEQ ID No 5, SEQ ID No 6, SEQ ID No 7, SEQ ID No 8, SEQ ID No 9, SEQ ID No 10, SEQ ID No 11, SEQ ID No 12, SEQ ID No 13, SEQ ID No 14, SEQ ID No 15, SEQ ID No 16, SEQ ID No 17, SEQ ID No 18 y SEQ ID No 19.

37. Una sonda para identificar virus causantes de infecciones respiratorias en humanos seleccionados entre el virus influenza tipo A, el virus influenza tipo B, el virus influenza tipo C, el virus respiratorio sincitial humano tipo A (RSVA) , el virus respiratorio sincitial humano tipo B (RSVB) , adenovirus humano, el virus parainfluenza humano tipo 1 (PIV1) , el virus parainfluenza humano tipo 2 (PIV2) , el virus parainfluenza humano tipo 3 (PIV3) , los virus parainfluenza humano tipo 4A y 4B (PIV4A/4B) , enterovirus, rhinovirus, coronavirus humano tipo 229E, coronavirus humano tipo OC43, coronavirus causante de SARS y metapneumovirus humano eventualmente presentes en una muestra de ensayo caracterizada porque tiene una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo constituido por SEQ ID No 1, SEO ID No 2, SEQ ID No 3, SEQ ID No 4, SEQ ID No 5, SEQ ID No 6, SEO ID No 7, SEQ ID No 8, SEQ ID No 9, SEQ ID No 10, SEQ ID No 11, SEQ ID No 12, SEQ ID No 13, SEQ ID No 14, SEQ ID No 15, SEQ ID No 16, SEQ ID No 17, SEQ ID No 18 y SEQ ID No 19.

Cuando una patente se hace internacional, se puede encontrar en el idioma de cada país en que se ha solicitado. En Espacenet se tiene acceso a los documentos en cada idioma.